Natural de Nyborg, desde os cinco anos que Magnus Gaunsbaek jogava no clube da sua terra, o Nyborg G&IF. Actua como defesa, mas passou por várias posições durante o processo formativo.

Em 2019 o Sporting CP observou-o num torneio internacional e desde então monitorizou a sua evolução, oferecendo-lhe um contrato profissional em setembro de 2021. Contente pela confiança em si depositada, Magnus espera retribuir com trabalho e empenho máximo.