Natural de Torres Vedras, Nélson Pereira chegou ao Sporting em 2011 para assumir o treino de guarda-redes da equipa de juniores. Ainda na mesma temporada passou a desempenhar funçõs idênticas no plantel principal, onde se mantém até hoje.

Com quase duas décadas de ligação profissional ao Sporting, Nélson foi bi-campeão nacional (1999/2000 e 2001/2002) enquanto jogador.