Afonso Seixas começou a carreira de treinador integrando a equipa técnica sénior feminina do Sporting CP, em 1994/95, num ano em que o clube venceu Taça de Honra da AVL. Em 2002 o seu percurso prosseguiu no CD Ribeirense, com vários títulos nacionais e depois, no CF "Os Belenenses", onde foi peça fundamental nas bases lançadas para o projecto de formação do clube, também com dois títulos nacionais conquistados com a equipa sénior feminina.

Distinguido com os prémios de treinador do ano para a AVL (2004/05) e ANTV (2007/08), haveriam de se seguir passagens pela Lusófona VC, AJ Fonte do Bastardo e CV Oeiras, com mais um título nacional neste último, um ano antes de regressar ao Sporting CP para integrar a equipa técnica de Gersinho Amorim.