Flávio Gonçalves ingressou nos escalões de formação do Rio Ave FC aos 9 anos. Esteve três temporadas no clube de Vila do Conde e desde os 12 anos que representa o Sporting CP.
Campeão nacional de sub-15, em 2021/22, estreou-se no ano passado nos sub-17, embora tenha passado a maior parte da temporada junto dos sub-16. Em 2023/24 estará integrado nos sub-17, que pretendem recuperar o título nacional de juvenis.