Carlos Fernandes cruzou o seu caminho com o de Rúben Amorim enquanto membro da equipa técnica da equipa sénior do Casa Pia AC. Fez parte das equipas técnicas de SC Braga B e SC Braga, chegando agora ao Sporting CP, onde tem o papel de coaduvar o técnico principal.
No Sporting CP ajudou na conquista de uma Taça da Liga, dois Campeonatos Nacionais e uma Supertaça.