Natural de Loulé, Manuel Mendonça jogou entre 2010 e 2017 na AD Geração Génios e no Louletano DC. Chegou ao Sporting CP para jogar nos sub-14 e tem subido patamares com firmeza e um espírito de liderança que lhe atribuíu a responsabilidade de capitanear as equipas de que fez parte.

Campeão nacional de sub-17, em 2022 e internacional português entre os escalões sub-17 e sub-20, Mendonça jogou em 2022/23 pelos sub-19 Leoninos, tendo também feito a estreia nos sub-23. Integra a equipa B há duas temporadas, tendo sido peça fundamental na subida de divisão da Liga 3 para a Liga Portugal 2.