Rafael Mota chegou ao Sporting CP em 2019, com 12 anos, vindo do Vitória SC. Defesa internacional por Portugal nos escalões sub-15 a sub-18, marcou presença no Campeonato da Europa Sub-17, em 2024.

Campeão nacional sub-15 pelo Sporting, em 2022, jogou a temporada seguinte nos sub-17 e depois nos sub-19. Em 2024/25 acabou por realizar a maior parte da temporada na equipa sub-23, onde continua em 2025/26.